Si trova a 85 chilometri dalla Sicilia e a 70 dall'Africa.
Il suo territorio è di origine vulcanica. Sono tuttora presenti molti fenomeni di vulcanesimo secondario, prevalentemente acque calde e fumi. L'ultima eruzione è avvenuta, nel 1891, sul pendio nord-occidentale, nella parte sommersa. Il territorio del comune va dal livello del mare ad una altezza di 836 metri sulla Montagna Grande. Il porto dell'isola permette il collegamento regolare con i porti di Trapani e Mazara del Vallo. Pantelleria è dotata di un aeroporto ed è collegata all'Italia continentale con voli di linea. .